Valkosipuli on narumainen matala juuristo ilman pääjuurta. Pääjuuriryhmä on jakautunut maakerrokseen 5-25 cm, vaakasuoran halkaisijan ollessa 30 cm. Kasvin morfologian kannalta sipuli itse kehittyy metamorfisista oksista ja sen solmuvälit lyhennetään"bulb kiekkoiksi". Varsilevyjen pohja ja reunat ovat juurtuneet juuriin, joissa lehdet ja silmut ovat primitiivisiä. Kukkasilmujen erilaistumisen jälkeen apikaaliset silmut muodostavat kukkavarsia ja sivutsilmut laajenevat muodostaen valkosipulin kynsiä. Valkosipulin lisääntymismuoto on suvuton lisääntyminen, ja lisääntymiselin on emon'vartalossa oleva lateraalinen silmu eli suomusimu. Aikuinen valkosipulikasvi koostuu juurista, pseudosvarsista, lehdistä, varresta, sipuleista jne.
Valkosipulin lehtiä ovat lehtirunko ja lehtituppi. Lehden tuppi on putkimainen ja kasvaa pyöreästi varren levyllä. Monikerroksiset lehtitupit halaavat toisiaan ja muodostavat pseudostaudin, jonka tehtävänä on mekaaninen tuki ja ravinteiden kuljettaminen sipuliin.
Valkosipulin varsi koostuu kahdesta osasta: kukka-akselista ja involucresta. Involucussa on kukkia ja ilmasipuleita, mutta useimmat lajikkeet vain kukkivat eivätkä kukki, tai vaikka ne voivat kukkia, kukkaelinten kehitys ei ole täysin kehittynyt eivätkä pysty muodostamaan siemeniä. Yleiset lajikkeet voivat muodostaa useita tai kymmeniä ilmasipuleita involucressa. Ilmasipuleita voidaan käyttää valkosipulikasvien lisäämiseen. Noihin aikoihin yksipäinen valkosipuli muodostettiin yleensä ja sitä käytettiin yksipäisen valkosipulin maataloustuotantoon. Yksipäisen valkosipulin kylvöstä saadaan tasaisesti jakautunut, suurikokoinen sipuli, jolla on hyvä ravintoarvo. Valkosipulin tuotanto tällä seksuaalisella lisääntymismenetelmällä voi poistaa valkosipulin pitkäaikaisessa tuotannossa kertyneet toksiinit ja parantaa myös valkosipulin siementen laatua. Valkosipulin siementen elinvoimaisuus voi toteuttaa valkosipulin siementen nuorentamisen, lisätä satoa ja parantaa laatua.
Valkosipulin sipulisilmuja kutsutaan myös valkosipulin kynneksi, jotka ovat kasvitieteen lyhennettyjen varsilevyjen lateraalisia silmuja ja valkosipulin kasvullisia varasto- ja lisääntymiselimiä. Suomumukku koostuu kahdesta suomukerroksesta ja nuoresta silmusta. Suomusilmut kasvavat lyhyeksi kutistuneilla varrella. Suuriterälehtiset lajikkeet ovat keskittyneet enimmäkseen 1-2 lehden kainaloihin valkosipulin varsien lähelle. Yleensä kussakin lehtien kainalossa on 2-3 suomua. Keskimmäinen on pääsilmu ja kaksi sivua ovat apusilmuja. Lisäsilmut voidaan suurentaa tuoteelinten sipuliksi; Pienet terälehtilajikkeet muodostavat pääosin suomusilmuja 1–4 lehden kainaloihin ja 3–5 suomusilmua jokaiseen lehden kainaloon. Muodostuneiden valkosipulin kynsien määrä on suuri ja yksittäinen pieni, ja ulommat suomusilmut ovat suurempia kuin sisempi suomusilmut.
Varsilautaselle asetettujen valkosipulinkynsien lukumäärän mukaan se voidaan jakaa kahteen tyyppiin: yhden tyyppiset valkosipulinkynnet porrastettuina varsilevylle, yleensä 4-15 valkosipulinkynttä, tällainen valkosipuli on enimmäkseen laaja valikoima, kuten violetti Skin valkosipuli; toinen on valkosipulinkynnet, jotka on järjestetty kahteen tai useampaan kierrokseen varsilevylle, yleensä 20-35 valkosipulinkynttä, enimmäkseen pieniä kynsiä, kuten koiran hampaiden valkosipuli.
